Sistoskopi çoğu hastada sanıldığı kadar ağrılı değildir. İşlem öncesi idrar kanalına uygulanan uyuşturucu jel sayesinde genellikle hafif bir rahatsızlık ya da basınç hissedilir, dayanılmaz bir ağrı beklenmez. Esnek cihazla yapılan sistoskopi birkaç dakika sürer ve çoğu zaman ayaktan, hastanede yatmadan tamamlanır. İdrarda kan, tekrarlayan idrar yolu enfeksiyonu ya da mesane tümörü şüphesinde, mesanenin içini doğrudan görmemizi sağlayan en değerli yöntemdir.